JuBrain Anatomy Toolbox

Die JuBrain Anatomy Toolbox (alias SPM Anatomy Toolbox) ist ein SPM-Plugin mit probabilistischen zytoarchitektonischen Karten zur Kombination mit funktionellen Neuroimaging-Daten.

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JuBrain Anatomy Toolbox (zip-Archiv)
JuBrain Anatomy Toolbox (GitHub Projekt)
Aktuelle Version: 3.0
Bedienungsanleitung

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Referenzen und Kontakt

Bei Fragen und Kommentaren zur JuBrain Anatomy Toolbox wenden Sie sich bitte an:
Prof. Simon Eickhoff

Bei allgemeinen Fragen und Kommentaren zur zytoarchitektonischen Kartierung wenden Sie sich bitte an
Prof. Katrin Amunts

Referenzen für die JuBrain Anatomy Toolbox:

Eickhoff S, Stephan KE, Mohlberg H, Grefkes C, Fink GR, Amunts K, Zilles K: A new SPM toolbox for combining probabilistic cytoarchitectonic maps and functional imaging data. NeuroImage 25(4), 1325-1335, 2005

Eickhoff, S.B.; Heim, S.; Zilles, K.; Amunts, K.: Testing anatomically specified hypotheses in functional imaging using cytoarchitectonic maps. NeuroImage 32(2), 570-582, 2006

Eickhoff SB, Paus T, Caspers S, Grosbras MH, Evans A, Zilles K, Amunts K Assignment of functional activations to probabilistic cytoarchitectonic areas revisited. NeuroImage 36(3), 511-521, 2007

Referenzen für probabilistische zytoarchitektonische Abbildungen

Zilles K, Amunts K (2010) Centenary of Brodmann’s map – conception and fate. Nature Reviews Neuroscience 11(2): 139-145

Amunts K, Schleicher A, Zilles K (2007) Cytoarchitecture of the cerebral cortex – more than localization. Neuroimage 37: 1061-1065

Zilles K, Schleicher A, Palomero-Gallagher N, Amunts K (2002) Quantitative analysis of cyto- and receptor architecture of the human brain. In: /Brain Mapping: The Methods/, J. C. Mazziotta and A. Toga (eds.), USA: Elsevier, 2002, p. 573-602.

Referenzen für die folgenden Bereiche werden mit der aktuellen Version verteilt

Amygdala (superficial, latero-basal and centro-medial complex)
• Amunts,K. et al., (2005). Anat. Embryol. (Berl) 210, 343-352.

Hippocampus
• Amunts,K. et al., (2005). Anat. Embryol. (Berl) 210, 343-352.

Superior Parietal Cortex (Areas 5L, 5M, 5Ci, 7A, 7PC, 7M, 7P)
• Scheperjans et al. (2008a), Cereb. Cortex 18: 846-867
• Scheperjans et al. (2008b), Cereb. Cortex 18: 2141-2157

Inferior Parietal Cortex (Areas PFop, PFt, PF, PFm, PFcm, PGa, PGp)
• Caspers et al. (2006), NeuroImage 33, 430-448
• Caspers et al. (2008), Brain Struct. Funct. 212, 481-495

Intraparietal Sulcus (Areas hIP1, hIP2, hIP3)
•Choi et al. (2006), J. Comp. Neurol. 495, 53-69
•Scheperjans et al. (2008a), Cereb. Cortex 18: 846-867
•Scheperjans et al. (2008b), Cereb. Cortex 18: 2141-2157

BA 17 and BA 18 (V1 / V2)
• Amunts,K et al., (2000). Neuroimage. 11, 66-84.

Broca’s region (Area 44 / Area 45)
• Amunts,K. et al., (1999). J. Comp Neurol. 412, 319-341.
• Amunts,K. et al., (2004). NeuroImage 22, 42-56.

Frontal pole (Areas Fp1 and Fp2)
• Bludau et al., (2013). Neuroimage. 2, 260-275.

Medial orbitofrontal cortex (Areas Fo1 – Fo5)
• Henssen et al., (2015). Cortex. 75, 87-112.

Anterior cingulate cortex (Areas 25, 33, P24a, P24b, P24c, P32, S24 and S32)
• Palomero-Gallagher et al., (2008). J Comp Neurol. 508(6), 906-926.

Fiber tracts
• Burgel,U. et al., (2006). Neuroimage 29, 1092-1105.
• Burgel,U. et al., (1999) Neuroimage. 10(5), 489-99.

Parietal operculum / SII (Areas OP 1 – OP 4)
• Eickhoff,S.B et al., (2006). Cereb. Cortex 16, 254-267.
• Eickhoff,S.B et al., (2006). Cereb. Cortex 16, 268-279.

Premotor cortex (Area 6)
• Geyer,S. (2003). The Microstructural Border Between the Motor and the Cognitive Domain in the Human Cerebral Cortex (Wien: Springer).

Motor cortex (Areas 4a and 4p)
• Geyer,S. et al., (1996). Nature 382, 805-807.

Primary somatosensory cortex (Areas 3a, 3b, 1)
• Geyer,S. et al., (1999). Neuroimage. 10, 63-83.
• Geyer,S. et al., (2000). Neuroimage. 11, 684-696.

Primary somatosensory cortex (Areas 2)
• Grefkes,C. et al., (2001). Neuroimage. 14, 617-631.

hOC5 (V5 / MT+)
• Malikovic,A., et al., (2007). Cereb. Cortex 17, 562-574.

Primary auditory cortex (Areas TE 1.0, TE 1.1 and TE 1.2)
• Morosan,P. et al., (2001) Neuroimage 13, 684-701.

Posterior insula (Areas Ig1, Ig2, Id1)
• Kurth,F. et al., (2010) Cerebral Cortex 20(6): 1448-1461.

Ventral extrastriate cortex (V3v / V4)
• Rottschy,C., et al., (2007). Hum Brain Mapp. 28(10):1045-1059.

Dorsal extrastriate cortex (hOC3d / hOC4d)
• Kujovic et al., Brain Struct. Funct. 10.1007/s00429-012-0390-9, 2012.

Gyrus fusiformis (FG1, FG2)
• J. Caspers et al., Brain Struct. Funct., 10.1007/s00429-012-0411-8, 2012.

Mid-Fusiform Gyrus (Areas FG3 and FG4)
• Lorenz et al., (2015). Cereb Cortex. pii: bhv225

Lateral occipital cortex (extrastriate areas hOc4la and hOc4lp)
• Malikovic et al., (2016). Brain Struct Funct. 221(4), 1877-1897.

Frontal pole (Fp1, Fp2)
• S. Bludau et al., (2014) Neuroimage, 93(2), 260–275

Basal Forebrain (Ch1-3, Ch4)
• L. Zaborszky et al., (2008) Neuroimage, 42(3), 1127–1141

Cerebellar nuclei (DDN, VDN, EN, GN, FN)
• Tellmann et al., (2015). Front Neuroanat. 13, 9-54.

Die JuBrain Anatomy Toolbox enthält auch den Cerebellar-Atlas von Diedrichsen

Cerebellar atlas Diedrichsen,J. et al., (2009) Neuroimage. 46(1), 39-46.
http://www.icn.ucl.ac.uk/motorcontrol/imaging/propatlas.htm

Die JuBrain Anatomy Toolbox enthält auch den Thalamic Connectivity Atlas von Behrens

Behrens TE et al., (2003) Nat Neurosci. 6(7):750-7.
http://www.fmrib.ox.ac.uk/connect/